Il formato di file FASTA è un formato basato su testo utilizzato per rappresentare nucleotidiche e peptide sequenze con i codici di una sola lettera. Il formato è nato con il pacchetto software FASTA, che è stato sviluppato presso l'Università della Virginia. Il formato FASTA si è sviluppato in uno standard nel campo della bioinformatica. E 'possibile scaricare il pacchetto software FASTA e creare e confrontare le sequenze sul proprio computer Mac.

istruzione

1 Scaricare un file eseguibile di FASTA costruita per Mac OS X (vedi Resource 1). Professore WR Pearson dell'Università della Virginia mantiene un sito con il codice sorgente e file eseguibili binari per un certo numero di piattaforme. A partire dal febbraio 2012, l'ultima versione binaria di FASTA per Mac OS X è FASTA-35.4.11.macosxuniv.tar.gz.

2 Aprire una finestra del Finder e navigare utilizzando la barra laterale sinistra per cartella di download. Fare doppio clic sul file binario eseguibile FASTA che avete scaricato. Ciò decomprimere ed estrarre il pacchetto per creare una sotto-cartella denominata "fasta-35.4.11" nella cartella di download.

3 Aprire una finestra di terminale e passare alla cartella Download dalla riga di comando. Il comando nel terminale sarà "cd Downloads" se si utilizzano le impostazioni predefinite del sistema. Dalla cartella Download, tipo "cd fasta-35.4.11" per entrare nella cartella FASTA.

4 Digitare il comando "bin / fasta35 -q ss / ss mgstm1.aa / prot_test.lseg" nella finestra di Terminale. Questo farà eseguire una sequenza di query di prova contro una libreria di test. Se questo comando viene eseguito correttamente, verrà visualizzato un riepilogo dei tempi di scansione e residui di sequenza.

5 Fare un file FASTA utilizzando qualsiasi editor di testo, come ad esempio l'applicazione TextEdit o il comando VI dal terminale. Un file FASTA è un semplice file di testo. La prima riga del file deve contenere un carattere ">" seguito da un identificatore di sequenza. Il file FASTA dovrebbe contenere una sequenza di DNA sulle linee rimanenti.

Consigli e avvertenze

• È possibile utilizzare qualsiasi estensione per il nome del file FASTA, anche se .fasta è comune.
• Se la prima riga del file FASTA non contiene un ">" carattere iniziale o non contiene una sequenza appropriata sulle linee rimanenti, il programma fasta35 sarà in grado di analizzarlo.