July 13
La frazione di allineamenti mancanti è un parametro che può essere impostato quando si confrontano le stringhe di dati tra loro con software di allineamento. Questo parametro definisce il grado di errore consentito nel processo di correlazione. Permette diversi set di dati da comparare o abbinate anche se i campioni di dati sono incompleti, frammentati o presume di avere alcune aree di non-correlazione. Questo concetto è fondamentale per gli algoritmi di allineamento di sequenze utilizzate in settori come la genetica, la linguistica e l'economia.
Da quando gli scienziati hanno iniziato il sequenziamento del materiale genetico, sono stati accumulando una libreria in rapida crescita di mappe del DNA degli organismi viventi. A causa della complessità di queste sequenze mappate, che possono comprendere migliaia di geni, di solito bisogno algoritmi di calcolo per analizzarli. Il campo della bioinformatica è aumentato di questo requisito, lo sviluppo di algoritmi e tecnologie di calcolo per effettuare l'analisi dei dati ad alta carico per la ricerca biologica. Un'area di interesse primario in bioinformatica è allineamento di sequenza, o la tecnica di confronto campioni genetici tra loro o ad un genoma indice completo.
allineamento di sequenza può essere adattata materiale genetico, come nel test del DNA per le indagini criminali, per confrontare i campioni tra loro per determinare un grado di relazione, come nello stabilire l'identità parentale o una connessione evolutiva più generale, o per molte applicazioni simili a biologico ricerca che analizza la correlazione tra i campioni genetici. Quando correlando i campioni, però, ci rendiamo conto che i dati saranno probabilmente non corrispondono perfettamente. Se stiamo cercando di provare a dimostrare l'identità del colpevole di un crimine, per esempio, il campione genetico preso dalla scena può essere incompleto o gappy. Se stiamo cercando di stabilire un grado di parentela tra i campioni, come nel caso di test di paternità o di ricerca evolutiva, ci saranno attesi aree di disallineamento in quanto individui portano ciascuno unico codice genetico.
Queste lacune o discordanze assunte sono "mancano allineamenti": le aree nei dati genetici rispetto che non corrispondono l'uno all'altro. In analisi, questi allineamenti mancanti devono essere contabilizzate in una certa misura, e che è la "frazione di allineamenti mancanti": il rapporto dei dati senza pari a abbinare i dati in correlazione campionaria. A seconda dell'applicazione, questa frazione può essere maggiore o minore. Ad esempio, nel campo della ricerca evolutiva, gli scienziati sono interessati a più ampie somiglianze tra campioni o alcune zone di correlazione piuttosto che una stretta corrispondenza. Quindi, in tali casi la frazione sarebbe superiore. Nel test del DNA per le indagini penali, la frazione potrebbe essere più piccolo per la corrispondenza più definitiva. tecnologia computazionale che viene utilizzata per l'allineamento di sequenze, come il Burrows-Wheeler Aligner, consente così gli utenti determinano il grado di errore consentito per le loro particolari applicazioni di allineamento. La frazione mancante parametro allineamenti personalizza il desiderato grado di precisione del processo.
allineamento di sequenze come concetto ha trovato impieghi al di fuori della ricerca genetica. Algoritmi e tecnologie originariamente sviluppate per l'analisi biologica può anche aiutare a identificare i modelli relativi a settori quali la linguistica comparata e marketing. Come con le sue applicazioni nel campo della genetica, la frazione di allineamenti mancanti personalizza la precisione di correlazione tra i campioni di pattern in questi campi.