file Protein Data Bank (PDB) può aiutare a gestire e rappresentare i dati struttura macromolecolare che si tira da studi che utilizzano la risonanza magnetica nucleare (NMR) e tecniche di diffrazione di raggi X. Manipolazione e lo spostamento di questi dati in giro può essere difficile; tuttavia, ci sono diversi download che vi aiuterà con questo processo. PDB Editor è solo uno di questi e serve come esempio per questo articolo.

istruzione

1 Vai alla voce "Elimina" sulla barra degli strumenti e selezionare il tipo di dati che si desidera rimuovere, se stai cercando di modificare il file estraendo un sottoinsieme di informazioni. Esempi tipici sono tirando fuori un particolare atomo dalle coordinate, rendendo una conformazione alternativo o l'eliminazione di fattori quali la temperatura anisotropico. In caso contrario, passare al punto 2.

2 Vai su "Select" per scegliere una cella, una finestra o una riga che si desidera modificare. Si può fare "Seleziona tutto" (CTRL-A), se si desidera apportare modifiche a tutti gli elementi. È inoltre possibile selezionare tutti gli atomi con un particolare codice di identificazione o il tipo registrato di residui.

3 Vai su "Modifica" per modificare elementi come il numero residuo, informazioni gruppo spaziale, numeri di atomi, connettività atomo, nomi di elementi e anche per riordinare gli atomi.

4 Vai su "Calcola", se si desidera eseguire traduzioni o rotazioni sugli atomi o trovare atomi simmetriche. È inoltre possibile utilizzare questa scheda per calcolare molti parametri differenti circa le proteine ​​oggetto di studio.